Samarbejde mellem miljøøkonomer, geografer, hydrologer, agronomer og atmosfæriske modellører har resulteret i udviklingen af politisk relevante integrerede modeller på forskellige geografiske skalaer. En unik mulighed for at udnytte detaljerede rumlige data om landbrugsproduktion og -emissioner har resulteret i udvikling af modelsystemer til integrerede og rumlige analyser af næringsreduktion, pesticider, naturbeskyttelse og klima. Luftforureningsmodeller er integrerede med atmosfæriske modeller og beregninger af eksternaliteter. Modeleksempler omfatter:

• Modeller til integreret modellering af næringstoffer og regulering, på landbrugsbedriftsniveau, oplandsniveau, national skala og de indre danske farvande (TargetEconN), samt for hele Østersøen (BALTCOST). Modeller til pesticidregulering
• Integreret modellering, kortlægning og geografisk opgørelse af økosystem services -  MAES DK
• Luft- og atmosfæriske modeller – evaluering af eksternaliteter.