Tilvejebringelse af rent vand til nuværende og fremtidige generationer ved beskyttelse af både ferskvands- og marine vandområder er et af bæredygtighedsudviklingsmålene. Eutrofiering af akvatiske økosystemer har i mange år været et stort miljøproblem i Danmark, og selv om der er opnået effektive reduktioner i udledningerne af næringsstoffer til vandmiljøet (både kvælstof og fosfor), så er eutrofiering stadig et dominerende miljøproblem i søer og marine områder, og nitrat kan true grundvandsressourcen mange steder. Opnåelsen af god økologisk status i søer, vandløb, kyst- og marine havområder samt grundvand er højt værdsat af befolkningen og har et vigtigt fokus i dansk miljøpolitik og i EU. Miljøforurenende stoffer i overfladevand og grundvand - herunder mikroplastik - udgør et andet vigtigt miljøpres på vandmiljøet, og regulering af tidligere og nuværende forurenende stoffer kræver integreret forskning, der involverer både natur- og samfundsvidenskab.
Forskningstemaer inden for dette område er:
