Sektionen for Atmosfæriske Emissioner & Modellering er underopdelt i tre grupper:
Gruppen for atmosfæriske emissioner, gruppen for atmosfærisk modellering og gruppen for klimamodellering.

Atmosfæriske emissioner
Gruppen Atmosfæriske Emissioner udfører forskning og rådgivning, der overordnet relaterer sig til udledning af forurening (luftforurening og drivhusgasser) til atmosfæren. Gruppen er ansvarlig for de officielle danske opgørelser af udledninger til atmosfæren (emissionsopgørelser) og rapportering til EU og FN, som en del af Danmarks internationale forpligtigelser. Gruppen er desuden ansvarlig for geografisk fordeling samt fremskrivning af udledninger.

Atmosfærisk modellering
Gruppen Atmosfærisk Modellering udfører forskning, der overordnet relaterer sig til den grundlæggende forståelse af de fundamentale atmosfæriske processer og interaktion med overfladen, der er styrende for atmosfærisk transport, kemisk omdannelse og afsætning af luftforurening, samt forståelsen af hvordan vi mennesker påvirker atmosfærens sammensætning og dynamik, og den efterfølgende påvirkning af sundhed, natur og klima.

Klimamodellering
Klimamodelgruppen arbejder med spørgsmål relateret til klimadynamik, klimaforandringer og klimafeedbacks på både store og små skalaer. Vi arbejder med arktisk opvarmning, iskappemassebalance, short-lived climate forcers (SLCF), vekselvirkninger mellem aerosoler og klima, modellering af terrestriske økosystemer og kulstofcyklus samt machine learning til nedskalering af forandringer og påvirkninger på lokalt niveau. Vi har en vis fokus på høje breddegrader og Arktis men er ikke begrænset dertil. Vi anvender en række modelleringsværktøjer, der spænder fra globale Earth System Models (ESMs) til procesmodeller.