eDNA analyse involverer indsamling af prøver fra meget forskellige miljøer som vand, jord, sediment, fækalier osv, hvorfra nucleinsyrer som DNA og RNA ekstraheres. Disse nukleotider kan danne grundlag for en række eDNA analyser:

• Metabarcoding: Når vi anvender generelle primere kan vi amplificere specifikke områder af det total eDNA. Efter amplificeringen i PCR processen bliver eDNA sekventeret, grupperet og sammenholdt med en referencedatabase. Derved kan vi sammensætte en liste over identificerede arter og slægter ud fra tilstedeværelsen af eDNA.
• Shortgun sekventering: Totalt eDNA brækkes i mindre stykker og sekventeret på vores sekventeringsplatforme. Derefter bliver sekvenserne sat sammen til gener og genomer.
• Kvatitativ PCR (QPCR): Ved at anvende primere, der er specifikke for grupper eller arter kan vi amplificere en specifik DNA gruppe eller art.
• Derved bliver eDNA brugt til at addressere forskningssprøgesmål indenfor molekylærbiologi, økologi, jordbrugsvidenskab, palæontologi og miljøvidenskab.

Institut for Miljøvidenskab råder over faciliteter til DNA/RNA ekstraktion endda med robotter, QPCR, opbygning af biblioteker og Next Generation Sequencing (NGS). Vores sekventeringsfaciliteter omfatter Nanopore, Illumina MiSeq og NextSeq, og dette støtter vores deltagelse I alle typer projekter der involverer eDNA analyser. Det omfatter således identifikation af enkeltorganismer, og hele samfund I forskellige matricer, biodiversitet og udtryk af gener med relevans for understøttelse af vigtige økosystem tjenester og sundhed af mennesker, dyr og planter.

Stærke computere håndterer de store datamængder fra DNA sekventeringsmaskinerne. Vores servere dedikeret til bioinformatiske analyser af eDNA star klar.

QPCR maskiner

Nanopore and Illumina MiSeq- og NextSeq- sekventerings platforme til eDNA analyse