Miljø DNA eller environmental DNA (eDNA) er defineret som genetisk materiale hentet direkte fra miljøprøver som f.eks. jord, sediment, vand, sne og luft eller en organismes efterladenskaber som hår, afføring eller kadavere. Indsamling af eDNA er en effektiv, ikke-invasiv og standardiserbar fremgangsmåde med stort potentiale for monitering af dyr, planter og mikroorganismer i akvatiske og terrrestriske økosystemer. I modsætning til traditionel overvågning af forekomst af arter i nature, som baserer sig på visual observationer, overkommer eDNA mange af begrænsningerne med at finde sjældne eller udryddelsestruede arter. Indenfor mikroorganismer har eDNA allerede revolutioneret fortåelsen af mikrobiel økologi. eDNA er en stor mulighed for undersøge økologien af enkeltorganismer og samfund samt undersøge deres stofskifte, funktion og evolutionære slægtskab.

Undersøgelser af eDNA omfatter en række metoder baseret på DNA eller RNA indsamlet direkte fra miljøet. Fra det indsamlede DNA eller RNA kan forekomst af organismer identificeres enten med QPCR, metabarcoding, shotgun sekventering eller full-genome sekventering på niveau af enten arts, populations, slægt eller familie eller til karakterisering af økosystemet.

eDNA bygger på metoder fra molekylærbiologi, populationsgenetik og bioinformatik koblet med økologi, biologi eller jordbrugsvidenskab og er et forskningsfelt i rivende udvikling. Kombineret med drastisk faldende omkostningerne for DNA sekventeringer bliver eDNA et mere og mere udbredt værktøj i stort set alle miljøer.  eDNA er et teknisk avanceret værktøj som i tillæg til at bestemme forekomst af arter også giver genetisk information om organismen, som kan indgå I at spore organismen, slægtsskabsanalyser, genetisk diversitet, aktivitet og funktion.