Det arktiske miljø er særligt belastet af miljøfarlige stoffer, specielt de svært nedbrydelige og bioakkumulerende forurenende stoffer. De såkaldte POP kemikalier. De forurenende stoffer stammer primært fra langtransport fra andre kontinenter.  I Arktisk sker der en højere ophobning af giftstoffer sammenlignet med andre steder på kloden på grund af de høje fødekæder.  Det giver udgør en særlig trussel for dyr og mennesker og er en stor miljømæssig udfordring, som instituttet i mange år har arbejdet med.

En række udfordringer i det Arktiske gør sig især gældende. De hurtige klimaforandringer i Arktis påvirker effekter og koncentrationer af de miljøfarlige stoffer. POP kemikalier reguleres/forbydes løbende internationalt, men effekterne i form af faldende koncentrationer sker kun langsomt i det arktiske miljø. Og endelig bliver disse regulerede kemikalier ofte erstattet af forbindelser, der har nogenlunde samme egenskaber - altså de derfor også være en trussel for miljøet. Endelig nedbrydes kemiske forureninger langsommere i det arktiske miljø, da på grund af det kolde klima.

Forskning i de processer, som har betydning for forurenende stoffers transport til og akkumulering i Arktis, er et fokusområde i instituttet via nationale og internationale samarbejder.