Mikroorganismer findes alle vegne i miljøet og spiller en hovedrolle i utallige naturlige processer. De driver blandt andet de basale stofcykler, der er nødvendige for planternes forsyning med næringsstoffer via omsætning af organisk stof i jord. Ved disse processer sker der samtidig en frigivelse af klimagasser til atmosfæren, hvorfor mikroorganismer også spiller en nøglerolle i forhold til klima og klimaforandringer.

Udover at udøve deres funktion i miljøet har mikroorganismer også et stort anvendelsesmæssigt potentiale. Nogle bakterier og svampe, såkaldte biokontrol organismer, kan hæmme væksten af skadevoldende mikroorganismer, tekniske enzymer og enzymer til levnedsmiddelfremstilling kan isoleres fra bakterier, gær og svampe, som også er storleverandører af farmaceutiske stoffer som f.eks. antibiotika.

Mikroorganismernes kan derfor ses som leverandører af såkaldte ”økosystem-tjenester”, der er grundlagsskabende for miljøet og for menneskers liv og aktivitet. Sektion for Mikrobiologi og Bioteknologi forsker derfor i følgende temaer:

• Effekten af biochar i landbrugsjord – fx hvilken effekt har tilførslen af biochar på jordens mikroorganismer og makrofauna (fx regnorme).
• Enzymer fra arktiske bakterier, hvis fysiologi er tilpasset meget kolde temperaturer og som derfor har enzymer, der har potentiel teknisk/industriel anvendelighed, fx i bæredygtige industrielle levnedsmiddelprocesser og i vaskepulver, der fungerer effektivt ved energibesparende lave vasketemperaturer.
• Interaktioner mellem mikroorganismer og mellem mikroorganismer og planter, der kan øge vores forståelse for, hvordan vi kan udnytte naturens nyttige mikrobiologiske ressourcer til at bekæmpe plantepatogener og som producenter af farmaceutiske stoffer (fx antimikrobielle, antivirale, antioxidative, anticancer).
• Finde gode bioindikatorer for mikroorganismer, der ødelægger fødevarer under lagringsbetingelser – specielt volatile metabolitter, der kan fungere som early-warning bioindikatorer.
• Bionedbrydning af fremmedstoffer i jord og grundvand (her et link til de områder der har fokus på dette emne).