I de senere år har der været stigende fokus på massebalance tilgange, dvs. at man ikke kun kigger på det primære forurenende stof, men også på de forbindelser det kan transformeres til (omdannelsesprodukter og metabolitter).  Det betyder, at omdannelsesprocesser for organiske forureninger i miljøet, biota og i tekniske processer i stigende omfang vinder frem indenfor videnskaben, men også indenfor risiko- og teknologivurdering.  Dette omfatter også belysning af specifikke strukturer i omdannelsesprodukter, da det ofte ikke er moderstofferne, men deres nedbrydningsprodukter, som kan forårsage uønskede effekter i miljøet.  MITO forsker i transformationsvej, hvilke omdannelsesprodukter der dannes, samt i de betingelser der afgør  transformationsvejene.

Omdannelsesprodukter af organiske forbindelser kan være mere giftige end moderstofferne.  Men modsat moderstofferne er omdannelsesprodukterne ofte ikke er reguleret, og der er kun få data om deres skæbne og eksponering.  Det er derfor vigtigt for en miljøvurdering at vide, under hvilke betingelser omdannelsesprodukter dannes, hvor giftige de er og om de er nedbrydelige.  MITO forsker systematisk på dette område.

MITO bruger også dedikerede metabolomics tilgange såsom mønsteranalyse til at beskrive de miljømæssige processer såsom ældning af olieudslip, effektiviteten af vandbehandling mv.

En lang række kemiske stoffer, både menneskeskabte og naturlige, er chirale, hvilket betyder at de pågældende molekyler eksisterer i to former som er spejlbilleder af hinanden og derfor ikke er identiske.  Da enzymer også er chirale, kan de vekselvirke med chirale forurenende stoffer på en meget selektiv måde.  For en dybere forståelse af enzymatiske processer, herunder transformation og toksicitet, er det vigtigt at kunne arbejde med enantioselektive processer.  Det er muligt at knytte transformationsprocesser af organiske forureninger til chiralitet, hvilket betyder, at det respektive enzym og dermed i sidste ende til specifikke organismer i et multiartsmiljø såsom jord, slam eller biofilm.