Sektionen for Atmosfærisk Miljø er underopdelt i tre grupper: Gruppen for atmosfæriske målinger, gruppen for atmosfæriske emissioner, og gruppen for atmosfærisk modellering.

Arbejdsområde for atmosfæriske målinger
Gruppen Atmosfæriske Målinger udfører forskning, rådgivning, overvågning og undervisning i relation til studier af de fysiske og kemiske processer som styrer niveau og udviklingstendens for luftkvalitet og den atmosfæriske afsætning. Gruppen varetager nationale opgaver med overvågning af luftkvalitet. Arbejdet i gruppen har fokus på betydningen for human sundhed, natur og vandmiljø samt interaktionen med klimaet.

Arbejdsområde for atmosfæriske emissioner
Gruppen Atmosfæriske Emissioner udfører forskning og rådgivning, der overordnet relaterer sig til udledning af forurening (luftforurening og drivhusgasser) til atmosfæren. Gruppen er ansvarlig for de officielle danske opgørelser af udledninger til atmosfæren (emissionsopgørelser) og rapportering til EU og FN, som en del af Danmarks internationale forpligtigelser. Gruppen er desuden ansvarlig for geografisk fordeling samt fremskrivning af udledninger.

Arbejdsområde for atmosfærisk modellering
Gruppen Atmosfærisk Modellering udfører forskning, der overordnet relaterer sig til den grundlæggende forståelse af de fundamentale atmosfæriske processer og interaktion med overfladen, der er styrende for atmosfærisk transport, kemisk omdannelse og afsætning af luftforurening, samt forståelsen af hvordan vi mennesker påvirker atmosfærens sammensætning og dynamik, og den efterfølgende påvirkning af sundhed, natur og klima.