Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Miljø DNA - eDNA

Baseret på styrken i forskningen inden for mikrobiel genomik i miljøet sigter Institut for Miljøvidenskab at etablere nøglekompetencer og bioinformatik-rørledninger til undersøgelse af forskellige miljø-DNA. Dette vil integrere og generere sekventeringsdata fra forskellige miljøer. Forskningen vil blive brugt bredt på Det Naturvidenskabelige Fakultet ved Aarhus Universitet (AU-ST) til at generere viden om biodiversitet, invasive arter, klimaændringseffekter og menneskeskabte effekter generelt.

- eDNA: et forskningsområde i fokus ved Institut for Miljøvidenskab (et "Strategisk vækstområde", SGA)

Grafisk repræsentation af DNA-sekvenser af mobile genetiske elementer fra forskellige miljøphyla

Mikroorganismer er til stede i praktisk talt alle dele af miljøet såvel som i væv fra levende organismer, hvor de i høj grad kan påvirke menneskers og miljøets liv på flere måder. DNA-sekventeringsanalyse af mikrobielt DNA, der er udtaget fra disse miljøer, udgør en stor mulighed for at studere rollen og økologien af disse organismer og få indsigt i deres stofskifte, funktion og evolutionære forhold. Sektionen for mikrobiologi og bioteknologi huser avancerede sekvenseringsfaciliteter til støtte for deltagelse i alle typer projekter, der involverer analyse af mikrobiel eDNA. Dette inkluderer identifikation af enkelte mikroorganismer og hele mikrobielle samfund i forskellige matrixer, deres udtryk for gener, der er relevante for levering af vigtige økosystemtjenester og sundhed for mennesker, dyr og planter. Derudover arbejder eDNA SGA med udvikling af teknikker til påvisning og overvågning af DNA fra højere organismer.

Illumina MiSeq- og NextSeq-sekventeringsplatforme til analyse af eDNA

Vigtigste forskningsområder

  • Undersøgelse mikrobiel eDNA fra forskellige miljøer (jord, vand, atmosfære, Arctics, Animal Gut, fødevareproduktion) for at forstå deres økologi og funktion i disse indstillinger.
  • Gennem DNA-sekvensering undersøge genetiske førere af bakteriel evolution ved at sammenligne metagenomanalyse indhold af mellem uberørte og evolutionære udfordrede miljøer.
  • Karakterisering af bakterie samfund ved 16S rRNA-Genanalyse, hele genomsekvensering af vigtige mikrobielle organismer (vira, bakterier, svampe og protozoer) og transkriptomanalyse relateret til sygdomme hos mennesker, dyr og planter og nedbrydning af Forurenende stoffer.
  • Brug Edna analyse til at forstå rollen som mikrober i levering af økosystemtjenester som biogeokemiske cykling af næringsstoffer, nedbrydning af organiske mikro forurenende stoffer, undertrykkelse af planteskadegørere.
  • Påvisning og risikovurdering af farlig mikroorganisme i luft, jord, vand og fødevarer i forhold til menneskers og miljøets sundhed.
  • Mobilomics: sekvens baserede undersøgelser af mobile genetiske elementer såsom plasmider, Bakteriofager og er elementer.

Eksempler på nylige og igangværende projekter