Akkumulering af organiske forurenende stoffer i Arktis er en miljømæssig udfordring, som sektionen har arbejdet med i mange år.  De hurtige klimaforandringer i Arktis synes også at påvirke dynamikken af de miljøfarlige stoffer.  I tillæg vil koncentrationer af kemikalier, som er internationalt reguleret, ofte kun langsomt reduceres i Arktis.  Endvidere bliver disse ofte erstattet af industrien med forbindelser, der potentielt ofte har de samme egenskaber som de regulerede, og dermed vil få den samme skæbne i miljøet.  Forskning i de processer som har betydning for forurenende stoffers transport til og akkumulering i Arktis har været et fokusområde i sektionen via nationale og internationale samarbejder. Sektionen har således gennem årene leveret væsentlige bidrag til Arctic Monitoring and Assessment Program (AMAP). Sektionen spiller en ledende rolle i AMAP POP ekspertgruppen sammen med Canada og Sverige.