Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Mikrobiel økologi og bioteknologi

Sektion i Institut for Miljøvidenskab, Aarhus Universitet.

Engelsk navn Environmental Microbiology and Biotechnology
Sektionsleder
(konstitueret)
Anders Johansen
Medarbejdere Se liste
Fysisk placering AU Roskilde
Faglige stikord Patogene mikroorganismer i miljøet, aero-mikrobiologi, mikrobielle økosystemtjenester, metabolomics, recirkulering

Sektionens medarbejdere

Navn Jobtitel E-mail Telefon Bygning
Aggerbeck, Marie Rønne Ph.d.-studerende mrag@envs.au.dk 7410, A2.41
Angouria-Tsorochidou, Elisavet Ph.d.-studerende elan@envs.au.dk
Anwar, Muhammad Zohaib Ph.d.-studerende mzanwar@envs.au.dk +4587158952 7410, A2.41
Barbosa Anesio, Alexandre Magno Professor ama@envs.au.dk +4587158736 7411, B2.19
Begovic, Tanja Laborant tab@envs.au.dk +4587158614 7411, B2.18
Caro, Dario Forsker dac@envs.au.dk +4587158639 7412, C2.49
Desplats, Clare Akademisk medarbejder c.desplats@envs.au.dk
Doting, Eva Lisa Ph.d.-studerende evdo@envs.au.dk +4552747303 7411, B2.06
Ellegaard-Jensen, Lea Forsker leael@envs.au.dk +4587158616 7411, B2.27
Frederiksen, Liselotte Laborant lfr@envs.au.dk +4587158498 7410, A2.39
Gobbi, Alex Ph.d.-studerende algo@envs.au.dk
Gosewinkel, Ulrich Bay Seniorforsker ulrich.gosewinkel@envs.au.dk +4587158617 7411, B2.14
Halbach, Laura Ph.d.-studerende lh@envs.au.dk 7411, B2.06
Hansen, Lars Hestbjerg Tidligere medarbejder lhha@envs.au.dk +4528752053
Hendriksen, Niels Bohse Seniorforsker nbh@envs.au.dk +4587158473 7411, B2.25
Hylling, Ole Ph.d.-studerende ohy@envs.au.dk +4587158616 7411
Jang, Jaeyoun Ph.d.-studerende jjang@envs.au.dk +4587158613 7411, B2.21
Johansen, Anders Seniorforsker, sektionsleder (konstitueret) ajo@envs.au.dk +4587158586 7411, B2.10
Klinglmair, Manfred Postdoc mkli@envs.au.dk 7412, C2.47
Marini, Michele Ph.d.-studerende mkm@envs.au.dk +4587158501 7412, C1.39
Martin, Joseph Donald Ph.d.-studerende jdmar@envs.au.dk 7411, B2.21
Olsen, Nikoline S. Ph.d.-studerende niso@envs.au.dk 7411, B2.23
Osei-Owusu, Albert Kwame Ph.d.-studerende akoo@envs.au.dk 7412, C2.51
Sapkota, Rumakanta Forsker rumakanta.sapkota@envs.au.dk 7410, A2.45
Skov Alanin, Katrine Ph.d.-studerende ksala@envs.au.dk 7411, B2.23
Stougaard, Peter Seniorforsker pst@envs.au.dk +4587158476 7411, B2.12
Teigiserova, Dominika Ph.d.-studerende dat@envs.au.dk 7412, C2.51
Thane, Tina Laborant tth@envs.au.dk +4587158614 7411, B2.18
Thomsen, Marianne Professor mth@envs.au.dk +4587158602 7412, C2.43
Thøgersen, Mariane Schmidt Postdoc mst@envs.au.dk
Winding, Anne Seniorforsker aw@envs.au.dk +4587158615 7411, B2.16
Zeng, Yonghui Junior Fellow zeng@envs.au.dk +4587153776 1630, 207
Zervas, Thanassis Postdoc az@envs.au.dk 7411, B2.21
Zhang, Xueqian Ph.d.-studerende xqzh@envs.au.dk 7412, C2.51
Foto: Britta Munter, DMU

Sektionens arbejdsområder

Sektionen har ekspertise på en række specifikke områder inden for mikrobiel økologi: miljømæssig risikoanalyse af mikroorganismer og bæredygtig miljøbioteknologi og vurdering af miljøbiologisk miljøtilstand, herunder GMO; human eksponering til mikroorganismer i miljøet samt bæredygtig miljøteknologi og ressourcehåndtering; mikrobiologisk vurdering af miljøtilstand; mikrobiel omsætning af miljøfremmede stoffer samt udveksling af gener mellem mikroorganismer. Forskningsaktiviteterne involverer en række metoder til måling af forskellige parametre på enkelt-art-niveau, fx forekomst i luft eller skæbne i miljø og fødevarer, og arternes interaktioner, både inden for samme trofiske niveau og imellem trofiske niveauer. Tilsvarende måles forskellige former for diversitet (genetisk og funktionel) i hele mikrobielle samfund og anvendes som indikatorer for jordkvalitetsparametre.

De nuværende specifikke faglige styrkepositioner udgør fundamentet for opfyldelse af sektionens fremadrettede forskningstemaer, der er designet til at modsvare samfundets fremtidige forskningsbehov og behov for viden:

Aeromikrobiologi

Sektionen forsker i luftbåren forekomst og spredning af mikroorganismer i det ydre miljø, herunder vira og bakterier samt bakterie- og svampesporer. Bakterier i luft, nedbør og skyer opsamles, kvantificeres og karakteriseres. Dette indgår i undersøgelser af naturligt forekommende luftbårne bakteriers effekter på klima og miljø, med særlig fokus på isdannelse og oxidation af drivhusgasser og luftforureninger. Endvidere undersøges hvilken betydning mikroorganismer og mikrobielt producerede organiske volatiler har for partikeldannelse. Data fra undersøgelserne anvendes bl.a. som input i Instituttets luftspredningsmodeller til vurdering af spredning af human-relevante sygdoms- og allergifremkaldende mikroorganismer via luft.

Forskningsemnet er et nyt internationalt tema og sektionen bidrager bl.a. ved at udvikle opsamlings- og detektionsmetoder til luftbårne mikroorganismer. Opsamlingen og målinger sker vha. nye instrumenter der anvendes fra tårne og flyvemaskiner.

Forekomst og økologi af patogene mikroorganismer og deres virulensgener i miljøet

Mange humanpatogene mikroorganismer forekommer også i det eksterne miljø og denne del af deres levevis er væsentligt dårligere belyst end deres liv som patogener, skønt det kan have stor betydning for human eksponering og sandsynligvis også for udviklingen af de patogene egenskaber. Denne forskning i krydsfeltet mellem mikrobiel økologi og medicinsk mikrobiologi undersøger betydningen af miljøet som levested og for udvikling af patogener samt for deres spredning og menneskers eksponering. Forskningen er en forudsætning for vores grundlæggende forståelse af årsagerne til en række forskellige infektionssygdomme og rummer et stærkt forebyggelsesperspektiv. Det overordnede mål er at undersøge hypotesen ”Miljøet er afgørende for forekomsten af sygdomme forårsaget af mikroorganismer”.

 

Mikroorganismers rolle i bæredygtig recirkulering af ressourcer i natur og samfund

I fremtiden skal intelligent recirkulering af organiske affaldsstrømme mellem land og by sikre at elementerne N, P og C tilbageføres til landbruget på en sikker og bæredygtig måde samtidig med, at en del af den organiske fraktion udnyttes til produktion af bioenergi. Det er et satsningsområde både pga. de miljømæssige og de økonomiske perspektiver. Mikroorganismer udfører de centrale processer i de vigtigste konverteringsled af den teknologiske del af dette system samt i landbrugsjorden, og EMBI vil levere den mikrobielle del af forskningen.

Øko-industriel systemanalyse (EISA).

Herudover arbejder sektionen med analyser af lokale og regionale strategier for bæredygtig ressourceudnyttelse, herunder udvikling af cirkulære stofkredsløb med henblik på at afhjælpe forurening af miljøet og udledning af klimagasser igennem en mere hensigtsmæssig og effektiv udnyttelse af ressourcerne.  Udvidede økoindustrielle LCA (Life Cycle Assessment) analyser af stofstrømme og risikoanalyser af resulterende miljø og sundhedseffekter er centrale metoder.

Faglige resultater

Du kan finde information om de faglige resultater af forskning og rådgivning udført af sektionen via følgende links:

Available Bachelor and Master projects

The Environmental Microbiology and Biotechnology at Aarhus University, Roskilde, offers exciting facilities to students interested in doing their Master's or Bachelor's thesis with us. Our advantages include:

- Expertise in diverse areas of microbiology;

- eDNA center with Illumina MiSeq and NextSeq sequencer;

- Competences in bioinformatics;

- Modern lab;

- International environment.

Click the links below or on the side column to find more information about the projects.

Please contact us, if you have your own idea for a project or would like to know more about us.

- Plasmid encoded phage resistance in Salmonella ‐ battle of two molecular parasites?

- Screening for novel biocontrol agents against plant pathogens

- CRISPR-cas in industrially relevant bacterial strains

- Sampling and characterization of micro-fungi in air

- Collection Device for Bacteria in Air

- Microbial community diversity in agricultural soils with no to low carbon input

- Biochar as a carrier of plant growth promoting bacteria