Mikrobiel økologi og bioteknologi

Sektion i Institut for Miljøvidenskab, Aarhus Universitet.

Engelsk navn Environmental Microbiology and Biotechnology
Sektionsleder Lars Hestbjerg Hansen
Medarbejdere Se liste
Fysisk placering AU Roskilde
Faglige stikord Patogene mikroorganismer i miljøet, aero-mikrobiologi, mikrobielle økosystemtjenester, metabolomics, recirkulering

Sektionens medarbejdere

NavnJobtitelE-mailTelefonBygning
Anwar, Muhammad ZohaibPh.d.-studerendemzanwar@envs.au.dk7410, A2.41
Armon, RobertGæsteforskerrobert.armon@envs.au.dk+45871587367410, A2.39
Bang-Andreasen, TokePh.d.-studerendetba@envs.au.dk+45871589527410, A2.41
Begovic, TanjaLaboranttab@envs.au.dk+45871586147411, B2.18
Browne, Patrick DenisPostdocpadb@envs.au.dk7410, A2.41
Carstens, Alexander BythPh.d.-studerendeaca@envs.au.dk7411, B2.06
Christensen, Lisbeth DamkjærGæste specialestuderendeldch@envs.au.dk+45871586137411, B2.21
Djurhuus, Amaru Indigo Miranda San MartinGæste specialestuderendeamma@envs.au.dk7411, B2.06
Ellegaard-Jensen, LeaForskerleael@envs.au.dk+45871586167411, B2.27
Frederiksen, LiselotteLaborantlfr@envs.au.dk+4587158498A2.39
Gobbi, AlexPh.d.-studerendealgo@envs.au.dk+45871585087411, B2.06
Gosewinkel, Ulrich BaySeniorforskerulrich.gosewinkel@envs.au.dk+4587158617C2.06
Hansen, Lars HestbjergSektionsleder, Professorlhha@envs.au.dk
Hansen, ThomasLaborantpraktikantthha@envs.au.dk+45871584987411, B2.19
Hendriksen, Niels BohseSeniorforskernbh@envs.au.dk+4587158473B2.25
Hylling, OlePh.d.-studerendeohy@envs.au.dk+45871586167411
Imparato, ValentinaTidligere ansatvim@envs.au.dk+4587158465
Jang, JaeyounPh.d.-studerendejjang@envs.au.dk+45871586137411, B2.21
Johansen, AndersSeniorforskerajo@envs.au.dk+4587158586B2.10
Jørgensen, Tue SparholtGæsteforskertsj@envs.au.dk7410, A2.41
Kot, WitoldForskerwk@envs.au.dk+45871589527410, A2.45
Kyrkou, IfigeneiaPh.d.-studerendeifigeneia.kyrkou@envs.au.dk+45871585087411, B2.06
Nielsen, Tue KjærgaardVidenskabelig assistenttkn@envs.au.dk+45871589527410, A2.41
Olsen, Maria OliviaSpecialestuderendeoc@envs.au.dk
Olsen, Nikoline S.Ph.d.-studerendeniso@envs.au.dk7411, B2.23
Raspor Dall'Olio, LucijaVirksomhedspraktikantlurdo@envs.au.dkA2.37, 7410
Santini, Rui GustavoGæste Ph.d.-studerenderui.santini@snm.ku.dkC2.00
Santos, SusanaTidligere medarbejdersuss@envs.au.dk+45871586137411, B2.21
Thane, TinaLaboranttth@envs.au.dk+4587158614B2.18
Wang, AimeiPh.d.-stipendiataimei.wang@food.au.dk+4587158347
Winding, AnneViceinstitutleder, seniorforskeraw@envs.au.dk+4587158615B2.16
Zahara, IrumPraktikantirza@envs.au.dk7411, B2.19
Zeng, YonghuiJunior Fellowzeng@envs.au.dk+45871537761630, 207
Foto: Britta Munter, DMU

Sektionens arbejdsområder

Sektionen har ekspertise på en række specifikke områder inden for mikrobiel økologi: miljømæssig risikoanalyse af mikroorganismer og bæredygtig miljøbioteknologi og vurdering af miljøbiologisk miljøtilstand, herunder GMO; human eksponering til mikroorganismer i miljøet samt bæredygtig miljøteknologi og ressourcehåndtering; mikrobiologisk vurdering af miljøtilstand; mikrobiel omsætning af miljøfremmede stoffer samt udveksling af gener mellem mikroorganismer. Forskningsaktiviteterne involverer en række metoder til måling af forskellige parametre på enkelt-art-niveau, fx forekomst i luft eller skæbne i miljø og fødevarer, og arternes interaktioner, både inden for samme trofiske niveau og imellem trofiske niveauer. Tilsvarende måles forskellige former for diversitet (genetisk og funktionel) i hele mikrobielle samfund og anvendes som indikatorer for jordkvalitetsparametre.

De nuværende specifikke faglige styrkepositioner udgør fundamentet for opfyldelse af sektionens fremadrettede forskningstemaer, der er designet til at modsvare samfundets fremtidige forskningsbehov og behov for viden:

Aeromikrobiologi

Sektionen forsker i luftbåren forekomst og spredning af mikroorganismer i det ydre miljø, herunder vira og bakterier samt bakterie- og svampesporer. Bakterier i luft, nedbør og skyer opsamles, kvantificeres og karakteriseres. Dette indgår i undersøgelser af naturligt forekommende luftbårne bakteriers effekter på klima og miljø, med særlig fokus på isdannelse og oxidation af drivhusgasser og luftforureninger. Endvidere undersøges hvilken betydning mikroorganismer og mikrobielt producerede organiske volatiler har for partikeldannelse. Data fra undersøgelserne anvendes bl.a. som input i Instituttets luftspredningsmodeller til vurdering af spredning af human-relevante sygdoms- og allergifremkaldende mikroorganismer via luft.

Forskningsemnet er et nyt internationalt tema og sektionen bidrager bl.a. ved at udvikle opsamlings- og detektionsmetoder til luftbårne mikroorganismer. Opsamlingen og målinger sker vha. nye instrumenter der anvendes fra tårne og flyvemaskiner.

Forekomst og økologi af patogene mikroorganismer og deres virulensgener i miljøet

Mange humanpatogene mikroorganismer forekommer også i det eksterne miljø og denne del af deres levevis er væsentligt dårligere belyst end deres liv som patogener, skønt det kan have stor betydning for human eksponering og sandsynligvis også for udviklingen af de patogene egenskaber. Denne forskning i krydsfeltet mellem mikrobiel økologi og medicinsk mikrobiologi undersøger betydningen af miljøet som levested og for udvikling af patogener samt for deres spredning og menneskers eksponering. Forskningen er en forudsætning for vores grundlæggende forståelse af årsagerne til en række forskellige infektionssygdomme og rummer et stærkt forebyggelsesperspektiv. Det overordnede mål er at undersøge hypotesen ”Miljøet er afgørende for forekomsten af sygdomme forårsaget af mikroorganismer”.

 

Mikroorganismers rolle i bæredygtig recirkulering af ressourcer i natur og samfund

I fremtiden skal intelligent recirkulering af organiske affaldsstrømme mellem land og by sikre at elementerne N, P og C tilbageføres til landbruget på en sikker og bæredygtig måde samtidig med, at en del af den organiske fraktion udnyttes til produktion af bioenergi. Det er et satsningsområde både pga. de miljømæssige og de økonomiske perspektiver. Mikroorganismer udfører de centrale processer i de vigtigste konverteringsled af den teknologiske del af dette system samt i landbrugsjorden, og EMBI vil levere den mikrobielle del af forskningen.

 

Faglige resultater

Du kan finde information om de faglige resultater af forskning og rådgivning udført af sektionen via følgende links:

Available Bachelor and Master projects

The Environmental Microbiology and Biotechnology at Aarhus University, Roskilde, offers exciting facilities to students interested in doing their Master's or Bachelor's thesis with us. Our advantages include:

- Expertise in diverse areas of microbiology;

- eDNA center with Illumina MiSeq and NextSeq sequencer;

- Competences in bioinformatics;

- Modern lab;

- International environment.

Click the links below or on the side column to find more information about the projects.

Please contact us, if you have your own idea for a project or would like to know more about us.

- Plasmid encoded phage resistance in Salmonella ‐ battle of two molecular parasites?

- Screening for novel biocontrol agents against plant pathogens

- CRISPR-cas in industrially relevant bacterial strains

- Sampling and characterization of micro-fungi in air

- Collection Device for Bacteria in Air

- Microbial community diversity in agricultural soils with no to low carbon input

- Biochar as a carrier of plant growth promoting bacteria